基督教信仰在小亚细亚几乎绝迹、巴尔干半岛正教会重新的整合、俄罗斯革命的悲剧、西方正教会分崩离析等因素彻底地改变了正教会世界的结构。

俄国革命与苏联时期

俄国教会在面对革命的骚动时，其实并不如人们以为的那样毫无预备。需要改革的事项在1905年就计画好了，大多数的教士对于几世纪以来剥夺了教会自由的俄罗斯帝国其实并没有特别的感觉。在临时政府执政期间，1917年8月，一个代表全教会的会议在莫斯科召开，有265个神职人员和299个世俗神学家与会，而在此次会议的会前会中已就民主化的架构及会议程序事先规划。它采用一个新的教会体制，使主教辖区能重新建立，让主教能由各个教区共同选出，并让一般大众能参与教会各管理阶层的事务。最后莫斯科的主教吉洪（Tikhon），在1917年10月31日（布尔什维克革命后六天）被选为宗主教。虽然因著血腥革命的爆发，造成改革无法全面完成，但至少人民已能在部分教区选出新的主教。
在马克思主义思想影响下，布尔什维克政府认为所有的宗教都是“人民的鸦片”。1918年1月20日，政府颁布了一条命令，剥夺教会所有合法的权利，包括财产权。然而这个法令未能立即执行，教会也仍然保有一个强而有力的社会力量达数年之久。吉洪对此一法令的回应是将“公开或伪装的敌基督者”逐出教会，虽然他并未指明针对政府；他同时针对政治议题发表了具有道德意义的声明：在1918年3月，他指责俄国和中央政府间布勒斯特立陶夫斯克和约（Brest-Litovsk）的休战协议，同年10月他“告诫”列宁，要求他宣布特赦。然而吉洪小心翼翼地试图不让自己染上反革命的色彩，1919年9月他呼吁信徒不要支持白党（反共主义者），而要遵守苏联政府订定的那些不违背基督信仰的法令。
独立教会在1922年之后遭到很大的逼迫，是年2月，政府下令没收教会所有珍贵的财物，遭到吉洪的反对。俄国政府赞助那些愿与之合作推翻大主教的教士，却不愿给予任何担保；在吉洪遭软禁时，这群教士便接收了他的办公室，并且很快宣布这些主教和教士对政府的效忠。这就是所谓“革新教会”或“活教会”的分裂，不但切断了教会内部的连结，也使教会再无招架之力；许多对宗主教忠实的主教和教士都遭到审判并处死，包括彼得格勒年轻的改革派大主教便雅悯（Benjamin）。“革新”教会很快就因为允许已婚的神父当主教，及允许丧偶的神父再婚而打破普世正教会的纪律。
当吉洪被释放时，他对教会的分裂提出谴责，有许多神职人员因而回转支持他；然而他也（可能违背其意愿）发表声明陈述自己“并非苏联政府的敌人”，也停止了公开反对政府的举动。但吉洪服从的态度并没有立刻发生效果，他指定的继任者于他1925年去世后全部遭到逮捕。1927年，暂代牧首职位的塞尔吉乌斯（Sergius）大主教也宣誓效忠苏联政府。然而于1920年代后期至30年代，在史达林（Joseph Stalin）的统治下，教会遭受了极大的血腥迫害，造成数以千计的受害者。到了1939年，只有三或四个正教会的主教和100间教会得以正式运作，其他教会几乎全面被查禁，俄国教会在苏联执政期间可能是整个东正教历史中遭迫害最严重的时期。

（见俄国殉道圣徒的网页）

二次世界大战期间，正当史达林在政治上遇到大挫败的同时，塞尔吉乌斯在1943年被选为宗主教，“革新教会”的分裂自此宣告结束。在塞尔吉乌斯之后继任的宗主教亚阿力克赛（Alexis, 1945-70）带领下，开拓了两万五千所教会，神父人数也多达三万三千人。但在1959到1964年间，俄国总理赫鲁雪夫（Nikita Khrushchev）再度推行反宗教运动，使得教会的数目减少到一万以下。在亚阿力克赛去世后，1971年由宗主教皮门（Pimen）继任，虽然教会仍然受到人民的拥戴，但它的未来却依旧难以预料。
然而在长达70年的镇压与反宗教策略后，1980年代晚期，教会经历了更大的宗教自由，一直到1991年苏联解体之后。

巴尔干半岛和东欧

第一次世界大战造成了土耳其、奥地利及苏俄帝国的倾覆，也使得正教会结构上产生了巨大的变化。原本属于苏联国土的西界，如今发展为芬兰、爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛等新兴独立的国家，正教会的少数族群在此建立了自己的独立教会。前三个国家在君士坦丁堡的辖区之下，而立陶宛在名义上则仍属莫斯科管辖。当时大公宗主教在吉洪主教的反对下，在有数百万的白俄罗斯人和乌克兰人的波兰，建立了独立自治教会（1924）。二次世界大战后，爱沙尼亚、拉脱维亚、及立陶宛的教会自主权再次受到打压，波兰的正教会首度被并入莫斯科的辖区，之后则又再度宣布独立（1948）。
巴尔干半岛发生的变化则更为巨大。五个位于塞尔维亚的教区（蒙特尼哥罗、卡尔洛夫奇、达尔马提亚、波士尼亚赫赛哥维那、旧塞尔维亚）在一位塞尔维亚主教的带领下，在新南斯拉夫的首都贝尔格勒合并为一（1920-22）。同样地，罗马尼亚的摩拉维亚－瓦拉几亚、特兰西斐尼亚、布科维纳和比萨拉比亚等教区亦合为一个新教区（1925），成为巴尔干半岛最大的独立教会。最后在一些紧张与暂时的分裂之后，君士坦丁堡的宗主教于1937年终于承认阿尔巴尼亚的教会自治。
二次大战后，共党在巴尔干半岛的国家建立政权，然而他们并未企图像1920及30年代俄国的宗教迫害一般清算教会。南斯拉夫和保加利亚的教会和国家在法律上是分开的；在罗马尼亚，正教会却保持与共党政府的连结；塞尔维亚教会因为对德国人始终保持强硬的反抗态度，使其能够保有比保加利亚和罗马尼亚教会更多的自主性。然而一般而言，巴尔干半岛的这些教会和莫斯科教会一样皆有对新政权效忠的态度；如此一来，他们方能保有几间神学院、一些出版品、以及自由敬拜的机会。捷克东正教的遭遇亦颇雷同，并于1951年由莫斯科主教区联合组织成为一所独立教会。唯一的例外是阿尔巴尼亚，共党政府在1966到1968的文化大革命之后，宣布彻底清算宗教组织。
在所有东正教国家中，希腊正教会是唯一自19世纪起保有合法国家教会身分的；也就是说，20世纪后的希腊政府也同样支持正教会。此外，教会也发展出一个成功的国内宣教团体－佐伊兄弟会（“生命”），其组织乃是参考西方教会团体的模式，在兴建教会学校上成果丰硕。
东欧的共党政权在1980年代后期及1990年代初期陆续垮台，国家对教会的控制有效解除，使得当地得以拥有崭新的政治与宗教自由。

东正教在中东的发展

在希腊－土耳其战争之后，小亚细亚的希腊人口全部又回到了希腊（1922），君士坦丁堡大公宗主教的辖区也因此减少到仅剩君士坦丁堡（即伊斯坦堡）和周围地区的希腊人，这些人口近年来又迅速减少到仅存几千人，然而大公宗主教仍为东正教会名义上的龙头，同时也管理一些少数宗派及希腊群岛的教区。普世教会在罗德岛、贝尔格勒、日内瓦、及其他几个城市皆召开泛东正教会议，并开始准备成立正教会的“圣务总议会”。
和大公宗主教区一样，亚历山大、安提阿、耶路撒冷等地的老教区都是拜占庭帝国过去的遗迹，但直到如今，这些地方仍有许多发展的可能性：亚历山大为新兴的非洲群居的中心（参见以下“东正教的传播与宣教”）；安提阿在叙利亚、黎巴嫩、伊拉克设有教区，是阿拉伯最大的基督教区域；耶路撒冷则是基督教的主要圣地。
塞浦路斯与乔治亚两地的古老教会，由于特别的历史背景，在东正教姐妹会中仍扮演著相当重要的角色。西元431年之后的自治教会中，塞浦路斯在连续遭到占领及阿拉伯、十字军、威尼斯人、土耳其人、及英国人的压迫之后依旧存留了下来。在以伊斯兰教为主要信仰的地区里，枢机主教通常会被希腊塞浦路斯基督徒视为行政长官，其中枢机主教马卡里奥斯（Makarios）于1960年就成为塞浦路斯共和国独立后的第一位总统。乔治亚教会位于高加索山区偏僻之处，1801年成为俄国帝国的一部份，也是早期基督教传统的见证者；它早在第六世纪即从安提阿母会中独立出来，并以自己的语言发展出文字与艺术文化，他们的领导人头衔为传统的“大主教”。俄国人于1801年并吞了乔治亚后，便逼迫乔治亚的自治教会，教会也由一个俄国“总督”统管，直到1917年乔治亚人才重获教会自主权。在历经1920年代的严重迫害后，乔治亚教会仍以一个自治教区的状态存留至今。

东正教在美国的发展

当俄国的宣教版图扩张到偏远的西伯利亚时（参见以上“帝俄时期的教会发展”），东正教首次在现今美国的阿拉斯加及西海岸登陆。俄国传教士一开始于1794年落脚科迪亚克岛，其中包括圣赫曼（1837年去世，1970年被封为圣徒），他秉持著苦修的精神，不惜和俄国贪得无厌的商人对抗，以免当地原住民遭到剥削。美国买下阿拉斯加之后，神圣宗教会议于1870年设立独立的“阿留申群岛与阿拉斯加教区”；1900年，教区迁至旧金山，并改名为“阿留申群岛与北美洲教区”，辖区遍及整个北美洲。1880年间，美国的东正教会接收许多从加利西亚和喀巴索—俄罗斯移民的东正教徒，这些教徒多半居住在北部的工业大州或加拿大；同时也牧养来自塞尔维亚、希腊、叙利亚、阿尔巴尼亚等国家的移民。然而，一些希腊和罗马尼亚的移民团体，宁可直接从祖国邀请神职人员，也不愿意和美国的主教做正式的联系。1905年，美国的枢机主教吉洪（Tikhon, 即后来的莫斯科大主教）在俄罗斯的宗教大会上提议建立独立自治的美国教会，以符合教会内多元文化的特性，他同时预测其会友终究会被美国化，因此鼓励教会将教会仪式翻译成英文。
然而俄国大革命后，俄国教会内悲剧不断，教会的行政系统完全瓦解，当地的移民纷纷寻求祖国教会的庇护，而圣吉洪的提议也因此受到阻碍。1921年，大公宗主教梅勒蒂乌斯四世（Meletios IV Metaxakis）建立“南北美洲希腊总教区”，事后各民族的教徒又设立更多分支，再加上许多独立派系的形成，使得东教会的组织陷入一片混乱。
抵制教会分歧的现象最后在1950年间形成，各个教区开始协同合作，神学教育也逐渐有系统，这些力量凝聚信徒们的向心力。1960年，“美国东正教权威主教常务议会”（SCOBA）正式成立。到了1970年，莫斯科的宗主教决定复兴圣吉洪于1905年所提出的案子，正式宣告美国将成立自治的教会，并将其命名为“美洲正教会”（OCA），使美国教会能从其他国家中独立出来。然而君士坦丁堡大公宗主教强力反对此项决议，他不但拒绝此美国希腊教区于1970年所提出的自治请，并重申不得在教会仪式中使用英文。这次美国东正教的危机，牵涉到西方国家对东正教教义的认知、和是否保过去留民族传统的联系。

海外流亡、历法改变与宣教

一次大战后，数百万名东欧人分散到许多正教会未曾出现的地区。俄国革命引起一阵庞大的移民潮，其中主要移居到西欧－特别是法国，包括显赫的教会人士、神学家，和基督教学者，如布尔加科夫（Bulgakov）、别尔佳耶夫（Berdyayev），曾考夫斯基（V.V. Zenkovsky）等，他们不仅在巴黎建立声誉卓著的神学院，并对合一运动带来极大的贡献。1922年，吉洪宗主教指任大主教伊夫勒基（Evlogy）进驻巴黎，以领导海外流亡的教会。然而，大主教的威信却受到一群主教的挑战，这些主教离开他们的俄罗斯教区，与白军一同撤离，并在斯雷姆斯基卡尔洛夫奇以塞尔维亚教会的访客身分寻得庇护。尽管多次试图调停，卡尔洛夫奇的“宗教会议”仍拒绝甫复位莫斯科宗主教的任何政策，指控莫斯科高层与共产党人勾结，并出卖教会。教会将总部移往纽约，别名为“海外俄国东正教会”。该教会以其宣教工作、信仰虔诚，及反对合一及现代主义的坚定立场而闻名，但与官方的东正教辖区和教会并无教规上的关联。近来，俄国东正教会美国分会（ROCA）集合某些温和的传统人士和旧历法派教会，形成与合一主义对抗的阵线。“乌克兰流亡东正教会”的情形亦相雷同，其他流亡团体则在大公宗主教的声援下寻求庇护。
西元1924年，大公宗主教区改变传统的朱利安教会历法，转而采用所谓的“改良式葛利果历法”，很快地获得其它东正教会的认可，却因此在希腊、罗马尼亚和保加利亚皆造成非常严重的分裂。同时，希腊旧历法派团体对官方教会圣礼的正当性也产生歧见，而官方教会失控的反扑只让分裂情形加剧。原先只是单纯针对历法改变而抗议，转而成为对任何合一计画的反对运动。他们认为，历法改变只会让教会走向现代化与世俗化。某些激进的旧历法派成员，最后终于将自己从其他东正教会中孤立起来，而那些认同官方教会圣礼合法性的温和旧历法派，亦弃绝与其他教会的交流，等待他们返回传统正途。
二次大战后，众多的希腊人口移民到西欧、澳洲、纽西兰及非洲。在东非，这些希腊移民很快地吸引当地许多黑人改信东正教；对他们而言，东正教的礼拜与圣餐仪式比西方基督教较为教条式的制度来得更容易接受，此外他们眼中的东正教跟过去殖民政权无关，因而成为一种优势。随著本土神职人员人数的增长，信仰东正教的族群正散布至乌干达、肯亚、及坦尚尼亚，没有前俄罗斯传教团在阿拉斯加和日本那么专门的规划，这些新兴教会在非洲基督教中带来有趣的发展。