一般回教徒相信基督徒和猶太人是「聖書之民」，認為他們的宗教並非全盤錯誤但有缺完整。因此，只要基督徒順服哈里發（回教領袖）的威權和回教政府的統治，並且依規定納稅，就能享有應有的尊重和敬拜的自由，但向回教徒傳教或使回教徒改信基督教則屬重罪。實際上，基督徒當時已經被迫離群索居而且成為少數族群部落，他們被稱為所謂拜占庭帝國的遺根，或是被伊斯蘭征服的「羅馬國」自治區。 西元1454年，回教首領允許在基督徒中選出一位主教來作為遺族的「百支」，也就是全體基督徒遺族部落的領袖，希臘文為「壹土那克」（ethnarch）；他有權統治整個土耳其帝國下的基督徒，並且行使抽稅和司法的權力。在新制度之下，君士坦丁堡宗主教的地位和管轄權無論在地理上或實質上都大大地擴張：一方面因著所賦予的特權，他可以無視於同儕（其他東正教的主教）的存在，另一方面，他的權勢已經不再僅限於教會之內，更包括政治上的地位。對於被奴役的希臘人來說，他不僅是拜占庭教長的接班人，更是皇帝的繼承者。在回教的土耳其人眼裡，他則是拜占庭遺族中的官員和統治者。為了表現出這些新的權力，宗主教模仿了皇帝的裝扮，包括戴法冠、留長髮、配戴代表權柄的老鷹徽章、及其他象徵皇室的衣著。 這個新制度帶來許多重要的影響；其中最重要的，就是教會得以名正言順的繼續存在。對許多基督徒而言，當時的教會是唯一的教育管道和提高社會地位的機會，因此教會的聲望也逐漸提高。此外，隨著對宣教活動的限制，教會開始按種族來辨認會友身分。最後值得一提的是，新的制度也更加鞏固法納爾人（現稱「法納人」，為希臘貴族，來自當今的伊斯坦堡）獨攬大權的局面，因為整個基督徒的族群和社會都歸君士坦丁堡的宗主教和其希臘幕僚統治，使得教長一職非法納爾人莫屬。如此一來，希臘的主教逐漸佔據了所有高官位置。當時中東的教區實際上就是由法納爾人統治。到了西元1766和1767年，塞爾維亞和保加利亞的教會也分別受到法納爾人出身的主教撒姆爾•韓契利（Samuel Hantcherli）的壓迫。在土耳其政權支持下的希臘人統治，逐漸受到巴爾幹半島的斯拉夫民族及羅馬尼亞人的厭惡，尤其隨著土耳其政權的愈加殘暴、賦稅日益沉重，導致現代民族意識開始萌芽。 然而，法納爾人在教育及知識上的推動，功勞不容忽視，也只有他們才能提供這些資源給備受逼迫而離群索居的基督徒。因著土耳其政府所給的方便，法索爾人得以在羅馬尼亞的摩達維亞和威拉奇亞兩個大公國興建學校、推動希臘文，對希臘文化的再生扮演舉足輕重的角色。
自從土耳其人於西元1453年佔領君士坦丁堡以後，義大利佛羅倫斯聯會的運作就完全停擺。到了1484年，一群主教主持的會議正式譴責這個聯會；包括回教首領及多數希臘東正教徒，都主張和西方的基督徒團體斷絕政治上的往來。帕里奧洛格王朝期間的拜占庭文化復興運動，是第一個回教佔領下的多元產物。東西方的理性對話這時已中斷。藉由敬拜儀式和隱修制度，東正教得以完整地在此拜占庭世界中被保存下來。少數自學有成的修道士秉著過人的才華，藉著文章的發表和寫作把東正教的傳統發揚光大。這其中最突出的首推聖尼可迪馬斯（St. Nicodemus of the Holy Mountain, 1748-1809），他編輯了有名的靈修經典《慕善集》，同時也將西方的屬靈作品（例如耶穌會創始人羅佑拉依格納帝士的文章）改編、翻譯成現代的希臘文。 對於來自希臘、斯拉夫、或羅馬尼亞的東正教徒而言，獲得高等教育的唯一途徑就是到西方留學，然而許多人也因此脫離了原有的神學和屬靈傳統。 西方世界儘管無知和偏見，卻長期對東方教會充滿興趣；有時是出於真誠與好奇，有時則出於政治及宗教上的考量。西元1573到1581年間，德國的路得宗開始雙方漫長的書信往來，其中包括宗主教耶利米亞士二世（Patriarch Jeremias II, 1572-95年在位）的答覆信。這無論在歷史上多麼引人津津樂道，仍可看出當時改革宗和傳統東正教會間所缺乏的共識。 由於腐敗的土耳其政府長期玩弄外交手段，17世紀之後東西方的關係也益加惡化。其中最明顯的例子莫過於稱作「哈拉吉」（kharaj）的課稅名目，這是每次主教選舉時對基督徒抽的稅；西方的外交官通常會藉由提供繳納稅額，為所支持的特定候選人卡位。例如，法國和奧地利大使會支持那些讓羅馬天主教進入基督徒部落的候選人；而英國和荷蘭的代表則支持那些帶有新教色彩的主教。其中1620到1638年間，一位接受西方教育且才華洋溢的主教西里歐盧卡斯（Cyril Lucaris）即經歷了五次當選、五次罷免。他在位期間最值得一提的，是1629年在日內瓦發表的「信仰告白書」，內容充滿喀爾文教義精神（亦即新教改革宗教義），但他最後卻在親法和親奧黨的教唆下，被土耳其士兵殺害。接下來的六個東正教會議紛紛聲明譴責西里歐的信仰告白書，包括1638年的君士坦丁堡會議、1640年的基輔會議、1642年的傑西會議、1672年的君士坦丁堡會議、1672年的耶路撒冷會議、以及1691年君士坦丁堡會議。為了導正前面的謬誤，駐紮於基輔的大主教彼得•莫奇拉（Peter Mogila）於1640年發表了自己的東正教信仰告白書，緊接著耶路撒冷的主教多茲休斯•羅塔拉（Dositheos Notaras）也在1672年發表自己的告白書；兩人（尤其是彼得•莫奇拉）受到拉丁派基督教強烈的影響。 教會在歷經了一連串的事件之後，終於在18世紀引發了一波強烈的反西方效應。西元1755年君士坦丁堡會議決議，所有西方基督徒–無論是拉丁派或新教徒–，所受的聖禮儀式無效，而唯有經過東正教會的洗禮方屬教會成員。直到20世紀，希臘教會才停止這項規定。