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拜占庭帝國被視為「天上的耶路撒冷」是其來有自的，因為信仰已深植拜占庭生活的每一處角落：拜占庭假日就是宗教節慶，競技場中的賽事用敬拜讚美揭開序曲，貿易契約上標十字記號以祈求三位一體上帝的見證。而在如今這個不親近神的世代，想要理解為什麼社會中各個階層無論是平信徒或神職人員、窮人或王室、受過教育或目不識丁，都對信仰抱持難以言喻的狂熱，幾乎是件不可能的事。在君士坦丁堡見不到一點異教信仰的痕跡。但是，基督教本身卻因衝突而分裂，新的異端思想陸續出現，人人均有自己的神學。尼撒的貴格利就如此寫道： 「這個城市到處都是工匠和奴隸，他們都是學問高深的神學家，在商店和街道中講道。如果你要找個人，將一塊銀子換成零錢，他會告訴你聖子和聖父之間的差別在何處；如果你要問一塊麵包的價錢，他會告訴你聖子地位低於聖父；如果你借問澡堂何處有？你得到的答覆是聖子不是由血氣而成的。」 這些稀奇古怪的對答反應出宗教會議所面臨的窘境，激動的情緒迫使會議難以維持應有的莊嚴甚至趨向失控。正如拿先斯的貴格利半開玩笑地說：「我只能遠遠的向會議致敬，因為他們實在是麻煩的一群。我永遠不想再和這些吵雜的呆鵝處在一塊。」神父們有時會運用一些令人質疑的手段來達成他們的目的：例如亞歷山大聖濟利祿在和涅斯多留的爭執中，賄賂王室並以僧侶組成的私人軍隊脅持以弗所。然而聖濟利祿會運用這樣極端的手段，不過是出於對「正義必勝」的強烈渴慕。有時教徒口氣顯得尖酸刻薄，也是為了守護正教信念，或許這種狂熱所導致的混亂總比冷漠好。東正教並不認為與會者的不完美是個問題，因為聖靈會帶領他們走向正確的路。 拜占庭主教除了出席各項會議以外，亦是真誠善待會友的好牧人、在需要時會伸出援手的良友和守護者。著名主教約翰•屈梭多模（John Chrysostom），畢生致力於對貧困受迫者的關懷，也可發現在其他主教身上；例如亞歷山大主教聖約翰（死於619年），將其所有的財富奉獻給哪些他稱為弟兄姐妹的窮人。在他耗盡自己的資產後，轉而求助於其他支援。根據當代的紀載，他曾說：「如果某人不存惡心，為了救助衣衫襤褸的窮人而強行剝下富人的袍子，這也是沒有罪的。那些你們喚作貧民乞丐的，我稱呼他們為主人、助手。因為他們–也只有他們，能引導我們進入天堂的國度。」他慈悲慷慨的舉動受到拜占庭教會的重視，慈善工作也成為教會主要的任務。 當基督教歷史開始向第二個千禧年邁進，東羅馬帝國（也就是拜占庭帝國）首都君士坦丁堡的教會正處於世界教權的頂峰，就算是政治重鎮羅馬或法國加洛林以及日耳曼鄂圖王朝統治下的歐洲都無法與之匹敵，可說是基督教文明發展的中樞。帝國在馬其頓王朝統治下開始積極擴張版圖，自美索不達米亞到那不勒斯，從多瑙河到巴勒斯坦。其教會不僅隨著政治力的延伸而擴張，宣教的腳步也越來越廣，甚至超越疆界，進入俄國和高加索山。
從第四世紀君士坦丁到第六世紀查士丁尼一世，「普世國度」的意識形態廣為盛行，認為屬世的國度就是上帝國度的實現；基於同樣的觀點，使得教會和國家成為奮鬥共同體。共同體的核心是皇帝，不只是單純的領導者，還是上帝在世間的代表。如果拜占庭是天上的耶路撒冷，那皇帝的君主政權就像上帝在天上的一般；因此人民在教會俯伏敬拜耶穌的聖像，在宮廷自然也該朝拜皇帝。皇宮精緻奢華宛如迷宮般複雜的規模建築、栩栩如生的獸雕、嗓音清麗的鳥兒，都為要彰顯皇帝身為上帝代理人的地位。君士坦丁七世波菲羅根尼蒂斯寫道：「藉此，我們才能體會造物主在宇宙中巧妙的運籌帷幄，使皇家權力妥善有序的保存。」皇帝在禮拜儀式中得享特殊待遇，他雖然不能主持聖禮，卻可以像祭司一樣在內殿以雙手領受祝謝過的麵包，以聖杯飲用賜福過的葡萄酒，而不像平常人以湯匙領用聖餐。另外皇帝也能講道，並於某些盛宴中，在祭壇上主禮敬神。現在東正教主教的祭袍，就曾經是皇帝在教堂所穿的禮袍。 在拜占庭的體制下，信仰和世俗、或教會和國家之間並沒有清楚的分際，兩者皆是共同體的一部份。難以避免的，皇帝開始涉入教會事務，「皇帝兼教皇」、「矮化教會」等控訴也甚囂塵上。雖然教會和國家密不可分，畢竟還是兩種不同的體系，需要密切合作時，神職人員（祭司職）跟王室權力（帝權）各自有習慣的運作模式，兩者之間合諧一致，且不在對方掌控之下。 這就是查士丁尼大帝所訂立法條下的精神，並在拜占庭時代的法律中多次出現。以皇帝約翰堤米斯（John Tzimisces）的話為例：「我視教會和國家為兩個不同機關，造物主將人民的靈魂託付給神職人員，將人民的身體交管給國家。兩者相輔相成，世界就能繁榮昌盛。」因此皇帝的任務就是召開宗教會議、使其決議赴諸實行，但他不得逾越權責決定當中決議，因為這是主教的權責–藉由集會確立信仰的內容。這是上帝賦與主教的任務，正如皇帝是正教的守護者，並不是信仰的闡述者。不能否認的，皇帝時常越權干預教會事務，但當一些嚴重到足以影響核心信條的舉動出現時，教會當局會迅速聲明他們的自主信念。像是歷來許多皇帝都想破除聖像崇拜，儘管總是遭到教會成功的回絕。在拜占庭歷史上教會和國家密切依賴，但誰也不附屬在對方之下。 今日東正教內外對拜占庭帝國以及拜占庭所表現的基督教體制，嚴厲批評的聲浪不曾止息。然而拜占庭的信仰完全錯了嗎？他們相信耶穌–那位道成肉身的救世主以自己的寶血救贖全人類，因此得為個人甚至全體社會的靈魂和組織施洗。他們企圖創造出富含基督精神的政體和日常生活；我們可以說，這正是拜占庭相信並實踐「道成肉身」的具體表現。不過這樣的企圖卻可能暗藏錯誤：拜占庭視屬世的拜占庭帝國就是上帝的國度，希臘人（或者說羅馬人，這是他們稱呼自己的方式）就是上帝撿選的子民。然而拜占庭帝國顯然離他們自己的理想相當遙遠，造成的挫敗是相當悲慘的。拜占庭內的詐騙、暴力、殘忍是眾所皆知而無需贅述的。這些都是事實，卻又不是事實的全貌，因為在拜占庭諸多缺點的表象下，仍存在被聖靈鼓舞的偉大遠景–讓神的國度降臨。君士坦丁堡藉由成為「新羅馬」，其主教的權力因著和皇帝、議會共處一地而大大提升，因此又有「大公宗主教」之稱。就名義上階級制度的五名宗主教地位而言，他位居第二，上有羅馬主教，下有亞歷山大、安提阿和耶路撒冷的主教；然而實際上後三位主教因為轄區在第七世紀遭到中東阿拉伯人的佔領而被剝奪所有的權力。因此也只有後來位處東方基督教國家中心，新興的斯拉夫教會能夠挑戰君士坦丁堡的地位。 拜占庭教會和國家獨特的關係在西方常被稱作「政教合一」，意指國家統治者身兼教會最高領袖。而官方的記載比喻皇帝和主教的統治為「雙頭政治」，就是有雙重權力的政府，好比人的靈魂和身體。實際上皇帝的地位幾乎高過所有主教，僅有少數幾位主教能在政治上發揮影響力，尼可拉斯米斯提克主教（Nicholas Mystikus, 901-907, 912-925年在位）和聖波里克多主教（Polyeuctus, 956-970年在位）就曾因為皇帝不守教規的行為而將其逐出教會。在信仰和教義的範圍內，皇帝絕對不能強加自身意志，特別是違背教會認知的狀況，這樣的例子在中世紀羅馬屢見不鮮，也反映政教合一在拜占庭並非無限上綱。 查士丁尼大帝在第六世紀建造的聖索非雅大教堂，是當時東正教世界的核心，也是至今最雄偉的基督教建築。根據俄國歷史記載，基輔王子伏拉地米爾（Vladimir）的外交使節在西元987年參訪後回報說道：「我們不知置身於天堂還是地上，但可以確信的是，再也沒有像這樣雄偉壯麗的建築了。」聖索非雅大教堂內禮拜堂獨特的樣式，受到後世其他地方爭相模仿。這種模仿完全出於自發，基於君士坦丁堡在道德及宗教上的威望，因此現在所有東正教教堂都展現出第九世紀拜占庭的風貌。
修道院的隱修制度在拜占庭的信仰生活有著關鍵性的角色，同樣也影響其他正教國家。有人說道：「想要深入正教信仰的靈性層面，首先要從隱修制度著手。」「正教信仰有許多靈性部分值得去發掘，而隱修制度是其中最經典的。」修道院的生活最早始於第四世紀埃及和敘利亞一帶，從那迅速擴展到整個基督教世界。隨著君士坦丁大帝皈依基督教，停止宗教迫害、以及基督信仰成為宗教主流，隱修制度的順利發展顯然不是巧合。修道士的苦行生活可以看作是早先殉道者為信仰撒下鮮血的替代；他們的作為導正當時基督徒所遺忘的重要觀念：拜占庭只是個象徵而不是實體，神的國度並不在地上。僧侶離開社會進入曠野，實現了他們在教會預言和末世宣教的任務；他們要提醒世人，神的國並不在這個世上。 隱修制度有三種，都始於西元350年的埃及，並且到現在都還能在東正教會中看見。第一種是遁世者，居住在簡陋小屋或洞穴，或在墳場中、樹枝間、柱頂上，獨自過著隱士的禁慾生活，最佳的典範是隱修制度之父，埃及的聖安東尼（St Antony of Egypt, 25l-356）。第二種方式是僧侶的群居生活，住在修道院中遵守共同的戒律，著名的先驅有埃及的聖巴格米（St Pachomius of Egypt, 286-346），他訂立的隱修教條後來被西方的聖本篤引用。聖大巴西流主教聖師是群居修行強而有力的提倡者，他關於禁慾的著作對東方的隱修制度有相當大的影響，雖然他受到敘利亞一帶的啟發遠多於他所修行的巴可敏修道院。他強調和社會的互動，力主修道院應該更關心貧窮和生病的人，維持醫院和孤兒院的運作，盡最大所能造福社會。但是相較之下東方的隱修制度對社會的實際行動遠不如西方所做的：他們選擇透過禱告來祝福，認為僧侶實際上做了什麼並不如他的本質來得重要。第三種是介於兩者之間的「半隱士型態」，不同於前者單一的群體生活，取而代之的分為許多關係更密切的小單位，每單位約有二到六人，聽從單位內長者的教導。埃及半隱士型態的中心在尼崔雅（Nitria）和塞提斯（Scetis），於第四世紀末期出了許多著名的修士，包括尼崔雅的創始人安門（Ammon）、埃及和亞歷山大的兩位馬卡里烏斯（Macarius）、龐特斯的艾樺革士（Evagrius of Pontus）以及大阿爾塞尼（Arsenius the Great）。不只在東方，就連遙遠西方的凱爾特基督教也存在半隱士的修行。從隱修制度開始至今，無論是東方或西方，為了完成神召的使命，拜占庭世界也出現了許多修女的群落。
身為隱修制度的發源地，埃及被視為第二塊神聖淨土。來到耶路撒冷的信徒認為，除非能一訪尼羅河畔的苦行居所，否則他們的朝聖之旅無法圓滿。到第五及第六世紀隱修運動的領導地位轉移到巴勒斯坦的聖尤錫米烏斯（St Euthymius the Great, 死於473年）和他的門徒聖撒巴（St Sabas, 死於532年）。聖撒巴在約旦河流域一帶創立的修道院仍存在至今，這也是大馬士革的聖約翰所屬的支派。另一所擁有長遠歷史的，是西奈山的加大利修道院，由查士丁尼大帝所建立（在位期間527-565年）。由於巴勒斯坦和西奈山一度落入阿拉伯人的手中，修道士的卓越成就在第九世紀又回到君士坦丁堡的修道院，西元799年成為修道院院長的聖狄鐸重振了修道士的團體並且修改規章，吸引了更多僧侶前來。 第十世紀以來，東正教隱修制度的重地轉移到亞撒斯山（Mt. Athos），它位於希臘北部愛琴海上一個多岩石的半島，島上最高峰有6,670英呎高，又稱「聖山」。亞撒斯山有約二十多所有紀律的修道院，為數眾多的苦行所以及遁世者的小室。隱士們就定居在這些岩地上，全盛期甚至高達四千多名僧侶，其中歷史最悠久的大勞拉（Great Lavra）修道院出過26名教長和144名主教。這也證明亞撒斯山在東正教歷史的重要性。
在東正教的隱修制度中並無所謂的「教團」。在西方，僧侶可能屬於加爾都西會（Carthusian）、熙篤會（Cistercian）或其他的教團組織；但在東方，僧侶不過是一個大團契下的成員，附屬在某個修道院中。西方作家有時提到東正教的僧侶會以「巴西流修道會修士」或「巴西流教團僧侶」稱之，但這是不正確的。聖巴西流是東正教修道院制度中的重要人物，但他並未建立任何教團，雖然他的成就包含訂立隱修規則，但這和聖本篤的教團規章完全是不同的意函。
東正教隱修制度中有個獨特的人物叫做「長者」或「老者」，指的是有敏銳屬靈智慧的僧侶，其他的僧侶乃至世人都會向他們請益指引方向。有時他們會身兼祭司的職責，但通常只是普通的僧侶，並不會有特別名號上的任命，而是被聖靈直接引導。這些長者也可以是女性，因此在正教信仰中有「教父」、「教母」的存在。當人們向他們求助時，他們能代為從神領受明確的旨意，這是一項神所賜予的特別恩賜。最著名的是聖安東尼，在他生命的前半段–約從十八到五十五歲間，他選擇離群索居的修行步調；後來，他不再封閉自己，開始接待訪客。在他身旁圍繞著一群門徒，門徒之外又遍佈數不盡的民眾，許多是從遠方來的，向他尋求指引；人潮的川流不息就像其傳記作者亞大拿西所記載的「他宛如是全埃及地的醫生」。聖安東尼之後有許多後繼者，大多數就像聖安東尼一樣，在曠野中開始修行，以備未來重返社會。而在曠野的目的為要在寂靜中找尋真實的自我、聆聽上帝的話語，當具備長者所需要的恩賜之後，才能離開小室，回到原來的世界。 隨著數個世紀的演變改進，隱修運動在首都以及其他重要都市持續興盛。位在君士坦丁堡的Studion修道院擁有超過一千名的僧侶，專心致力於敬拜禱告、順服和節慾苦行的生活。他們相當反對政府以及教會的官僚氣息，捍衛正統教條不對強權低頭，其教條（隱修生活守則）受到後世修道院廣為採用，特別是位於俄國基輔著名的洞穴修道院。西元963年，皇帝尼斯福魯斯二世（Nicephorus II Phocas）向聖亞大拿西提供保護，後者的大修道院迄今佇立在阿索斯山。新神學家聖西蒙（St. Symeon, 949-1022），同時也是君士坦丁堡聖瑪門斯修道院院長，其諸多著作是東方基督教神秘主義的最佳典範，對於後世東正教屬靈發展有莫大影響。 就歷史角度而言，最重要的事件要屬拜占庭帝國將宣教的版圖擴展到整個東歐。在第九世紀，保加利亞以東正教作為國教，沙皇西蒙（893-927）在普斯拉夫（Preslav）設立行政獨立的教區；之後沙皇撒拇耳（976-1014）又在歐克瑞（Ohrid）設置另一個獨立教區。至此，斯拉夫語系的拜占庭教會主掌了巴爾幹半島。東正教裡難得一見的政教分離雖在拜占庭帝國君王巴西爾二世（Basil II, 976-1025）的征服下宣告結束，但東正教信仰的種子卻已悄悄播撒在斯拉夫民族中。西元988年，基輔王子伏拉地米爾接受東正教的信仰，並且迎娶巴西爾的妹妹。從此之後，俄國就成了拜占庭教會下的轄區，多數由君士坦丁堡指派的希臘大主教、或者偶爾由俄籍的大主教管轄。這種方式直到西元1448年都未受到挑戰，這段時期俄國透過保加利亞翻譯的幫助，承接許多拜占庭文明在靈性、藝術以及社會上的特質。（參見以下「教會與世界–宣教：古典與現代」）
拜占庭帝國和西方拉丁民族的關係越來越含糊不清。一方面，拜占庭帝國將整個西方世界視為「大羅馬」的一部份，臣服於拜占庭元首，羅馬大主教享有宗教界的最高權力；另一方面，法蘭克和日耳曼人的君王卻不時挑戰這個有名無實的架構，再加上羅馬教廷權力式微，許多位高權重的主教根本不想浪費心思向中央取寵。自宗主教佛西約（Photius, 858-867, 877-886年在位）以來，拜占庭帝國已多次公開譴責「和子說」（將聖靈貶低侷限於神聖界內在領域，變成父和子之間的連結），因為這顯然違背了尼西亞信經，直到879到880年間，佛西約以及教皇若望八世才將這件事圓滿解決。然而到了1014年，和子說在羅馬捲土重來，使得教派間再次出現嫌隙。西元1054年的衝突一直被錯認為是教會分裂的開始，事實上當時教會分裂醞釀已久，而衝突起因基於紛爭調停的失敗，包括拜占庭和德國在義大利的政治鬥爭，以及法國克呂尼一帶的僧侶所推動的改革運動，特別著重神職人員的獨身概念。拜占庭皇帝莫諾馬庫斯（Monomachus, 1042-55年在位）的安撫完全沒有效用，既不能弭平當時掌管羅馬教廷的法蘭克神職人員無禮的挑釁，也無法說服拜占庭宗主教色路拉里烏斯（Michael Cerularius, 1043-58）軟化態度。因此當羅馬教皇的使節於西元1054年來到君士坦丁堡時，發現他們和主教沒什麼好談的，唯一能做的就是控訴對方在教條及儀式上的過錯，然後演變成叫罵詛咒，最終激起所謂的「教會分立」。
西元1071年，在小亞細亞以東的曼奇克托會戰之後，拜占庭失去安那托利亞大部份的土地，從此不再是世界第一強權。基於拜占庭的懇求，西方國家組成十字軍預備東征，沒想到對拜占庭而言竟是另一場浩劫的開始；一來拜占庭的領土成了拉丁國家的封邑，連主教也被新的統治者強行撤換。最難受的，莫過於西元1204年君士坦丁堡所遭受的羞辱，拉丁國家的君王竟然在博斯普魯斯舉行登基大典，並且以拉丁籍的主教強行進駐聖蘇菲亞大教堂。同時，巴爾幹的國家保加利亞和塞爾維亞在西方國家的援助下脫離拜占庭的掌控；成吉思汗在西元1240年劫掠基輔，將俄國納入蒙古帝國的版圖。 拜占庭的傳統在這一連串的浩劫中得以倖存下來，主要因為東正教教會適時展現驚人的內在力量以及卓越的行政彈性。 在十字軍帶來浩劫之前，儘管發生過西元1054年的宗教衝突，拜占庭的基督徒從不認為和西方的決裂會走向「教會分立」。普遍認為與西方的交流中斷，只是因為神聖的羅馬教區被那些未開化的日耳曼蠻族暫時接管，最後從前一統的基督教世界會再度興起，並且回歸唯一合法的（指的當然是君士坦丁堡的）君王以及五位宗主教的統治。可惜十字軍以武力奪取安提阿和耶路撒冷等古老城市（1098-99年），以拉丁籍的高級教士取代希臘籍的宗主教，烏托邦式的理想終告破滅。未能重整基督教世界的團結統一，十字軍反倒清楚表明拉丁民族和希臘民族間巨大的鴻溝。經歷西元1204年卑鄙的劫掠，威尼斯的湯瑪斯莫羅西尼（Thomas Morosini）被教皇英諾森三世（Innocent III）任命為君士坦丁堡的宗主教，希臘人才體會到教皇對全基督教會實質權力的嚴重性。神學上的歧異和國際仇恨，將東正教與西方教會的聯繫硬生生的撕毀。 在城市被佔領後，宗主教約翰•克馬特（John Camaterus）逃亡到保加利亞，並於1206年死於異地。繼任者邁克•奧圖里安（Michael Autorianus）在1208年的尼西亞選舉中脫穎而出，獲得希臘的全力支持。雖然處在被放逐的狀態，其宗主教的地位在整個東正教世界依然被認可。從邁克•奧圖里安（而非同轄區內的拉丁籍競爭者）開始，保加利亞的教會藉由1235年特諾瓦教區的回復，重新獲得教會獨立權。此外塞爾維亞和拜占庭當局亦在尼西亞協商建立屬於自己的國家教會，其精神領袖聖沙維（St. Sava）在1219年被正式任命為塞爾維亞的樞機主教。
蒙古入侵對俄國未來的文明發展帶來災難性的影響，然而教會卻倖存下來，一方面因為教會是唯一有組織的社會團體，同時也因為教會承襲拜占庭的固有遺產。由尼西亞或君士坦丁堡任命的「基輔暨全俄羅斯大主教」握有政治實權，並受到蒙古大汗的尊重，享受前所未見的道德聲望，包括賦稅豁免權，而不需像其他當地親王按時向蒙古納稅，只對直屬上級（俄國教會的領袖）負責，儘管因為基輔總教堂已被蒙古大軍蹂躪殆盡，而必須放棄當地教區。大主教的管轄範圍遍及廣大疆域上的所有教會，包括自喀爾巴阡山脈到窩瓦河流域、在蒙古首都薩來新設立的主教轄區（靠近裏海）、以及前基輔公國的封邑。儘管後者之後落入波蘭跟立陶宛的統治，教會的尊榮不曾改變。
西元1261年尼西亞皇帝邁克•帕里奧洛格（Michael Palaeologus）從拉丁人手中奪回君士坦丁堡，東正教的宗主教再次佔有聖索非雅大教堂的教區。從1261年到1453年，拜占庭帕里奧洛格王朝所統治的帝國多次四圍環敵，又因內戰導致分裂，領土慢慢縮小到只剩下王城一地。而教會則保住絕大多數的教區，將管轄權推展到帝國範圍之外，包括俄國及遙遠的高加索山、巴爾幹的一部份，還有被土耳其佔領的大部分區域。許多後期的宗主教，例如亞瑟尼斯•奧圖安（Arsenius Autorianus, 1255-59, 1261-65年在位）、亞大拿西一世（Athanasius I, 1289-93, 1303-10年在位）、約翰•克拉克（John Calecas, 1334-47年在位），以及費留克西斯（Philotheus Coccinus, 1353-54, 1364-76年在位），都已不理會皇室權威，但心中仍然忠於拜占庭。 因為缺乏軍事力量作為後盾，君士坦丁堡教區的統治難以有效到達早在拉丁人統治時就已獨立自主的保加利亞和塞爾維亞教會。到了1346年，塞爾維亞的教會甚至公然宣告自己為獨立的教區；歷經短暫的抗議無效，君士坦丁堡只好在1375年接受此一事實。在俄國，拜占庭的教會間陷入嚴重的內鬥，起因於莫斯科和立陶宛的大公爭相帶領俄羅斯掙脫蒙古的枷鎖。當時的「基輔暨全俄羅斯大主教」早已駐守在莫斯科，並在政府事務中扮演重要角色，包括大主教亞阿力克賽（Alexis, 1354-78），他因著教會的支持，才使莫斯科在競爭中得到最後勝利；這些教會的力量對於之後俄國的歷史也有顯著的影響。同時西方的公國（亦即日後的烏克蘭）雖有所不滿，但即使在波蘭和立陶宛的強力支持下，只有加利西亞跟巴羅西亞兩地曾有短期的主教駐守。最後在十四世紀後期，莫斯科的大主教決定將所有教會力量集中於俄羅斯。
拜占庭北部地區教權不張的一項主要因素，是和西方教會的關係出了問題。對大多數神職人員而言，年輕的莫斯科大公國提供比東西方交界處國家更安全的屏障，因為這些國家屈服於信奉天主教的波蘭和立陶宛。此外，拜占庭重要的政黨本身也傾向和西方聯合，寄望能再次組成十字軍對抗可怕的土耳其人。事實上，教會合一不斷是帕里奧洛格王朝相當頭疼的問題。 皇帝邁克•帕里奧洛格（1259-82）當時面對諾曼地王查爾斯企圖在君士坦丁堡重建拉丁帝國的蓬勃野心；為了獲得羅馬教皇的實質援助以對抗查爾斯的威脅，邁可向羅馬教皇貴格利十世（Pope Gregory X）傳達一份關於拉丁信仰的聲明，其使者並在里昂會議（1274）接受了和西方聯合的提案。這項由皇帝所主導對西方教會有條件的妥協，並未贏得教會的支持。在他生前，邁可成功地讓東方天主教的約翰貝克斯（John Beccus）主教進入君士坦丁堡的教會。但他死後，則受到東正教會強烈的譴責（1285）。 十四世紀期間，另有多位拜占庭的皇帝參予推動教會的合一，並在西元1333、1339、1347以及1355年舉行多場正式會議。到西元1369年，皇帝約翰五世•帕里奧洛格（John V Palaeologus）改信羅馬天主教。這些來自政府（而非教會）的努力，都是基於一個顯而易見的政治理由–期望西方國家共同對抗土耳其帝國，可惜這些努力在宗教或政治層面都未帶來任何助益。大多數拜占庭的東正教神職人員並不反對和西方教會合併，但會議的前提是東西方教會能站在相同的立足點協商討論，如同教會在早期所採用的方式，其中約翰•肯塔庫澤納斯（John Cantacuzenus）的對協商會議的推動最為堅持。約翰於西元1347到1354年間曾以皇帝身分短暫統治君士坦丁堡，他之後轉任修士，繼續對教會及政治帶來莫大的影響。「基督教支派聯合會議」的概念初期並不得教皇青睞，但十五世紀時又以「大公會議」的模式（主張會議擁有大部分的權力，教皇只能從旁協助支援）在西方的康士坦丁和貝索取得短暫勝利。由於教皇尤金四世（Pope Eugenius IV）對希臘選擇各基督教派為聯合對象而不是羅馬感到不悅，因此也在費瑞拉召開教派聯合會議，爾後轉移至佛羅倫斯召開。 費瑞拉–佛羅倫斯會議（1438-45）每次持續數月之久，當中常有冗長的神學辯論。皇帝約翰八世•帕里奧洛格（John VIII Palaeologus）、宗主教約瑟（Joseph）以及許多主教和神學家代表東方教會出席會議，他們最後終於接受大部分羅馬教會的立場和觀點，包括和子說、煉獄（介於死亡和天堂的靈魂淨化階段）和羅馬最高權力的地位。政治上的絕望和對土耳其人的恐懼，是促成他們簽署批准「聯合協定」的決定性因素（1439年7月6日），只有以弗所的大主教馬可尤金（Mark Eugenicus）拒絕簽署。在他們回到君士坦丁堡後，多數其他代表接連宣告會議中的同意聲明無效，教會間的關係因此依舊無任何重大改變。 教會正式的合併聲明延遲到1452年12月12日才在聖索非雅大教堂公開發表；然而1453年5月29日君士坦丁堡隨即落入鄂圖曼土耳其手中。其領袖蘇丹•穆罕默德二世（Sultan Mehmed II）把聖索非雅大教堂改建成回教的清真寺，許多依然對教會合併抱持希望的擁護者因此逃亡到義大利。
在帕里奧洛格王朝統治下，拜占庭有著令人同情的歷史；巧合的是，拜占庭當時在知識、靈性和藝術上展現了驚人的復興，影響整個東方基督教世界。這個復興並非沒有出現爭端和對立。西元1337年巴蘭（Barlaam, 拜占庭人本主義的代表之一）攻擊僧侶「靜修士」的靈修方法：藉由禁慾等方式就可以感覺到上帝「自存光」的異像，也就是上帝的榮耀。靜修士一詞源自希臘字「靜默」（hesychia），意指寧靜，強調藉由靜坐、冥想、禁慾、祈禱、苦行就可以與神對話。巴蘭的立場受到許多神學家的支持，包括阿金迪斯（Akyndinus）及尼斯波羅斯•貴格列（Nicephorus Gregoras）。經過多次辯論，教會推舉貴格利•巴拉瑪斯（Gregory Palamas, 1296-1359）作為主要發言人，他也是中世紀拜占庭最卓越的神學家。在1341、1347和1351舉行的會議即採用巴拉瑪斯的神學思維，而在1347年後宗主教的寶座持續由其弟子接手。約翰六世•肯塔庫澤納斯於1351年以皇帝身分主持的會議，亦全力支持「靜修士」。他的摯友尼可拉斯•卡貝西（Nicholas Cabasilas），在有關敬拜儀式和聖禮的著作中，詳細分析巴拉瑪斯神學對全基督教的重要性。因為君士坦丁堡宗教狂熱份子的存在，才讓東正教即使處於土耳其的統治下依然永存不朽，當中巴拉瑪斯神學也流傳至斯拉夫國家，特別是保加利亞和俄國。十四世紀後半其隱修制度重現俄國北部，其影響來自亞撒斯山的靜修制度以及拜占庭的知識、靈性生活，也與拉多涅茲的聖塞吉阿斯（St. Sergius of Radonezh）以及聖像繪圖（例如偉大畫家安德瑞•羅伯里歐的畫作）密切相關。 隨著靜修士的復興，拜占庭的神職人員開始願意對西方敞開大門。普克歐羅兄弟（Prochorus）和西多內斯（Demetrius Cydones）在肯塔庫澤納斯的資助下，有系統的將拉丁神學翻譯成希臘文，因此東方才首次得以領受奧古斯丁、安瑟倫（Anselm of Canterbury）、聖多瑪斯•阿奎納（Thomas Aquinas）等人的鉅著。大部分熟知拉丁神學的希臘神學家終於轉為支持皇帝東西方合一的政策，但仍有其他少數，如土耳其統治下的第一任宗主教–金納迪烏斯二世•斯科拉里奧斯（Gennadios II Scholarios），將他們對西方的熱愛轉為對東正教會完全的效忠。