Первая церковь в Харбине была создана в усадьбе Ст. Харбин во имя Святителя Николая, которая была как бы родоначальницей Иверской церкви для Свято-Николаевской церкви в Старом Харбине. В 1898 году из Одессы был привезён походный иконостас и св. антиминс, освященный архиепископом Иустином Харсонским и Одесским. Антиминс этот до сих пор находится на престоле церкви Ст. Харбина. первым настоятелем храма был свящ. А.Журавский.
В 1907 году является потребность иметь церковь для войск Заамурского округа пограничной стражи. На предложение свящ. Сергия Бродучана (ныне протоиерея) построить церковь начальник Заамурского округа пограничной стражи ген. Чичагов сказал, что на это не имеется средств.
Настоятель церкви усадьбы Ст. Харбин свящ. Сер. Бродучан указал на свободные деньги, имеющиеся при храме в сумме 32000 рублей. С этими средствами было решено строить церковь в стиле Ярославских церквей.
По благословению Иннокентия, епископа Переславского (почившего митрополита Пекинского) 27-го мая 1907 года состоялась закладка храма во имя Иверской Божьей Матери. С постройкой храма приготовляется и иконостас из орехового дерева на месте резчиками солдатами по плану архитектора Денисова, а иконы были заказаны в городе Чернигове художественной мастерской Киашко Зинковича, которому было заказано 32 иконостасных и 4 киотных иконы.
Постройка Иверского храма в 1908 году была окончена.
По благословению Евсевия, архиепископа Владимирского и Камчатского, св. Иверская церковь 3 июня была освящена малым освящением. В этот радостный и торжественный день начальником округа ген. лейт. Н.М. Чичаговым были посланы телеграммы по случаю освящения храма Е. И. В. Великой княгине Елизавете Фёдоровне, шефу пограничной стражи графу В.Н. Коковцеву, митрополиту Московскому Владимиру, архиепископу Евсевию, прот. Журавскому, председателю Правления КВжд Венцелю, ген. Озеровскому и первому н-ку охранной стражи до сформирования пограничного корпуса ген. Генгроссу. Ответные телеграммы были получены ген. Чичаговым и объявлены в приказах по гарнизону в войсках.
В 1915 году войска Пограничной стражи ушли на германский фронт и их заменили дружины. Ктитором церкви вместо ротмистра Долинского был назначен командир 559-ой самарской дружины полк. Н.С. Плонский. Настоятелем храма свящ. Сергеем Бродучан было предложено полк. Плонскому расписать храм живописью. В его дружине был художник капитан Вл.Ал. Михайлов, живописец ратник Д. Зимин и др.
Роспись церкви производилась по копиям Вл. Собора в Киеве художников Васнецова, Нестерова и др. в 1916 году роспись церкви была окончена и в праздник георгиевских кавалеров 26 ноября храм был освящён полным освящением архиепископом Евсевием и епископом Н. уссурийским Павлом. Первым настоятелем храма с 1908-1923 гг. был свящ. С. Бродучан, который занимал должность дивизионного благочинного округа.
В настоящее время настоятелем храма является митрофорный прот. о. Н. Вознесенский, вторым свящ. С. Бродучан и ктитором храма Г.Д. Антипас.