В 1898 г. с началом постройки КВжд и прибытием эшелонов охранной стражи прибыли священники этой Охранной Стражи. Первая постоянная церковь была устроена осенью 1898 г. в одном из временных бараков в Ст. Харбине, помещающаяся там и поныне. 1 октября 1899 г. заложена Св. Николаевская (ныне Кафедральный Собор) церковь в Новом Харбине, которая была освящена священниками охранной стражи о.о. А. Журавским, С. Белинским и И. Матковским.
В 1901-1903 гг. КВжд были построены по одному типу по 105 кв. саж. Здания церквей на всех больших станциях дороги: Дальнем, Имяньпо, Бухэду, Пограничная, Ханьдаохэцзы, Цицикар, Хайлар, Маньчжурия, Гунчжулин и Ляоян. Церкви в Дальнем (Дайрен), Гунчжулин и Ляоян утрачены после японской войны, а в Цяцикаре и Пограничной сгорели и заменены каменными храмами.
Указом Святейшего Синода 29 мая 1903 г. полоса отчуждения КВжд была подчинена в духовном отношении начальнику Российской Духовной Миссии, епископу, ныне почившему митрополиту Иннокентию Пекинскому. 1 июля 1903 г. с переходом КВжд в правильную эксплуатацию священники были объявлены в приказах по дороге состоящими на службе КВжд по церковному отделу, кроме одного, состоявшего при штабе Заамурского Пограничного Округа. Почивший митрополит Иннокентий учредил подворья Пекинской Духовной Миссии с храмами в Харбине и на ст. Маньчжурия.
Указом Св. Синода от 12 июля 1907 г. церкви полосы отчуждения КВжд (Куанченцзы-Харбин и Пограничная-Маньчжурия) были изъяты из ведения митрополита Иннокентия и причислены к Владивостокской епархии, которой тогда управлял архиепископ, ныне почивший митрополит Крутицкий – Евсевий.
С наплывом в полосу отчуждения беженцев из западной части России в Русско-германскую войну, а потом из России вследствие гражданской войны храмы перестали вмещать всех богомольцев; открылись новые церкви и приходы преимущественно с беженским духовенством во главе.
При храмах расформированной в 1921 г. охранной стражи также образовались приходы. В конце 1920 г. было учреждено Иверское Св. Богородицкое Братство в Харбине. При Братстве был открыт и приют «Русский дом» и новый существующий в собственном доме в Славянском городке. При приюте была открыта и домовая церковь. 29 марта 1922 г. распоряжением высшего церковного управления заграницей, во главе которого стоит и поныне Антоний, митрополит Киевский и Галицкий была образована временно самостоятельная Харбинская епархия во главе с архиепископом оренбургским и тургайским Мефодием, ныне почившим митрополитом харбинским и маньчжурским.
В настоящее время харбинская епархия имеет 46 церквей, из них только одна церковь бесприходная, около 160 священнослужителей, имеется 4 церковно-приходских начальных школы, епархиальный дом-убежище имени митрополита Мефодия и при всех приходах организованы братства и сестричества, выполняющие различные работы по благолепию храмов и оказанию помощи бедным.
За смертью митрополита Мефодия на харбинскую кафедру назначен правящим архиереем архиепископ забайкальский и нерчинский Мелетий с титулом харбинского и маньчжурского.
В настоящее время старейшими священниками в харбинской епархии и вообще на КВжд являются прот. И. Петелин с 1905 г., митрофорный протоиерей о. Л. Пекарский и прот. С. Дзугаев с 1906 г.
В состав харбинского епархиального совета входят два члена от духовенства – митрофорный протоиерей М. Филологов (заступающий место председателя) и прот. А. Знаменский и двое мирян Е. Н. Сумароков и Н. Л. Гондатти.
Епархиальный Миссионерский совет возглавляется самим правящим архиепископом Метелием. Его помощником является митрофорный протоиерей о. Петр Рожденственский. Епархиальным миссионером почти с самого основания епархии состоит протоиерей о. Аристарх Пономарёв.
Епархиальное попечительство о бедных духовного звания возглавляется митр. прот. П. Рождественским, который также является и наблюдающим за преподаванием Закона Божия в русских школах епархии. Епархиальный Свечной завод находится в ведении Е. В. Попова.
Кроме того, существуют епархиальная библиотека и епархиальный Дом-Убежище имени митрополита Мефодия в Корпусном городке.
В июне месяце в Харбине состоялось 9-е епархиальное собрание.
В. Герасимов