法國大革命與民族運動的思想、以及對從前基督教帝國鮮明的記憶，逐漸帶來巴爾幹半島上土耳其帝國的分裂。自中世紀晚期，許多國家皆隨著獨立正教會的建立而獨立。隨著?圖曼帝國的垮台，君士坦丁堡宗主教的權力也快速瓦解。矛盾的是，對希臘人而言，宗主教代表的就是未來的盼望，然而希臘卻也是最早成立獨立教會的國家。
1821年，希臘老帕特累（Old Patras, Germanos）的大主教正式對土耳其宣戰，土耳其政府下的主教區對此發出譴責聲明，將這些革命份子逐出教門；然而這份聲明卻無法阻止任何革命行動，土耳其政府甚至於1821年的復活節將君士坦丁堡宗主教國瑞五世（Gregory V）於教區大門外公開吊死，大批的希臘神職人員亦於各省區內遭到處決。在這次慘案後，官方教區的忠誠度無疑地更加確保；而自由的希臘主教一方面無法再和官方對話，一方面不承認其逐出教會的命令，於是在1833年於那瓦皮里昂（Navplion）舉行一次獨立教會的教內會議。希臘仿效俄國的制度，設立「神聖宗教會議」，在政府嚴密的控制下掌管教會。1850年，官方教區被迫承認並允許獨立教會，成為希臘正統教會。
1832年塞爾維亞的獨立連帶也讓塞爾維亞教會得以自治。1879年，塞爾維亞教會獲得君士坦丁堡承認為貝爾格勒主教轄區的第一個獨立教會，然而塞爾維亞教會所涵蓋的教區範圍只在所謂的「舊塞爾維亞」，即蒙特尼哥羅（Montenegro）一州，這個地區一直以來都獨立於土耳其的統治之外，並在采帝涅（Cetinje）有自己大主教區。其中主教同時為全國的政軍領袖, 授命於奧地利或聖彼得堡之下。 19世紀下半葉，奧匈帝國有兩間獨立教會負責管轄塞爾維亞、羅馬尼亞、及其他斯拉夫民族，分別是建立於1848年、管理奧匈帝國下所有東正教會的斯雷姆斯基卡爾洛夫奇（Sremski-Karlovci）教區，以及布科維納（Bukovina）的切爾諾維茲（Czernowitz）教區。後者的管轄權於1873年之後，更涵蓋了兩個塞爾維亞位於達爾瑪提雅的教區（札拉爾與科特爾）。塞爾維亞於波士尼亞和黑塞哥維那的教區在1878年由奧地利接管後，雖仍享有自治權，卻從未完全獨立於君士坦丁堡牧首區之外。
羅馬尼亞在經過數世紀外來政權－如保加利亞、土耳其、希臘法納爾、及近期的俄國－統治後，在1865年由羅馬尼亞教會宣布獨立自治。和希臘相同的是，新教會皆受到西歐庫札（Alexandru Cuza）專制政權的嚴格控制，最後同樣也在1885年獲得君士坦丁堡承認為布加勒斯特教區下的羅馬尼亞獨立教會。奧匈帝國特蘭西斐尼亞（Transylvania）的羅馬尼亞教會，則仍在西比悠的獨立教區或切爾諾維茲教會管轄之下。
保加利亞獨立教會的重建，發生在鄂圖曼土耳其帝國統治時期，當時希臘人和保加利亞人皆一起住在馬其頓、色雷斯、以及君士坦丁堡，因而不可避面地經過一些迫害與分裂。在土耳其征服之後，特別是在17、18世紀，保加利亞人受到希臘主教的統轄，被禁止用斯拉夫語敬拜神。這項強制禁令在19世紀遭到反抗，保加利亞人開始要求擁有本國的神職人員，及在教會高等組織（如主教辦公室）中享有同等的地位；當然，這樣的要求也遭到希臘嚴厲地反對。唯一的例外，是1870年土耳其政府許可成立的保加利亞國家教會，這所教會是由住在君士坦丁堡的保加利亞主教所管理，承認其地位的保加利亞人皆受其統轄。然而此新局面其實是不被認可的，因為這等於承認同一個地區兩個不同的教會體系。大公宗主教安提姆斯六世(Anthimus VI)於是在1872年於君士坦丁堡召開一次教務會議，與會者包括了亞歷山大與耶路撒冷的希臘主教。這次會議的參與者指責教會機構常有的所謂「種族主義」，並且將一些犯罪的保加利亞人逐出教門。這次的分裂一直持續到1945年，保加利亞被完全承認擁有自治權為止。 在脫離土耳其統治之後，巴爾幹半島的教會無論在種族認同或信仰生活上都有了顯著的發展。幾所德國式的神學院也在雅典、貝爾格勒（南斯拉夫）、索非亞（保加利亞）、布加勒斯特（羅馬尼亞）等地成立。羅馬尼亞境內的教會皆推行完整的崇拜儀式，但這樣的理想卻常因民族競爭而遭到破壞。1872年的君士坦丁堡會議在譴責種族主義時，事實上也等於為當代東正教會點出了最根本的問題。
彼得大帝的宗教規章一直延用到1917年帝俄時期結束。俄國的許多教會人士對於教會收歸國營一直感到不滿，但是除了計劃未來的改革之外，所作有限。然而到了20世紀，其改革計畫相繼受到重視；雖然彼得大帝和其繼位者大多親自處理教會內的事務，十九世紀的沙皇卻把大部份的權力委託給「高級教會庶務員」，他們等於是政府的內閣層級，也是整個教會行政組織的領導組織。帝俄政權衰落的主要原因之一，便是社會中嚴格的世襲制度，其中神職人員也屬制度下的產物，有獨立教育體系，其子孫因此難以選擇他種職業。 儘管有這些顯而易見的弱點，教會仍保有一些自覺，一些著名人物如斐都主教（Philaret of Moscow, 1782-1867）仍致力推動教育、神學研究、聖經翻譯、及宣教工作等等。俄國教會在67個教區中各設立了一座神學院以培訓神父與教師。此外，也有四所神學院校或研究所在幾個重要城市被設立（1769年於莫斯科，1809年於聖彼得堡，1819年於基輔，1842年於喀山），他們為俄國人和外國人提供了相當優良的神學訓練。然而，嚴密的階級制度和這些學校嚴格的專業特性卻成了攔阻其社會影響力的障礙。反之，教會透過隱修制度和其信仰精神，才得以獲得知識份子的認同。和大修道院嚴格的紀律相比，「長者」的預言更具影響力，這些長者是屬靈生命基礎的活見證，亦扮演了屬靈導師和告解神父的角色，較能吸引普羅大眾及知識份子。舉例而言，薩諾夫的聖撒拉弗（St. Seraphim of Sarov, 1759-1833）便是遵照在俄國森林興起的靜修士傳統標準生活。數以千計的基督徒，包括作家果戈里，托爾斯泰，杜思妥也夫斯基也拜訪過俄提諾的長者－李奧尼（Leonid, 1768 -1841）、麥考瑞斯（Makarius, 1788-1860）和聖安布羅斯（Ambrose, 1812-91）。其中杜思妥也夫斯基更因所受的啟發，在他的小說《卡拉馬佐夫兄弟》中描繪了一名叫做佐希瑪的修士。從這些知識份子當中，生活神學於是產生，具有莫大影響力的世俗神學家包括隸屬斯拉夫學派的霍米雅科夫（Aleksey Khomyakov，1804-60），他後來受到政治圈的青睞，影響多位19世紀末馬可斯主義的信徒改信東正教，包括布爾加科夫（Sergey Bulgakov，1871-1944）和別爾加耶夫（Nikolay Berdyayev，1874-1948）。此時宣教的版圖也持續擴展，特別在西亞，日本和阿拉斯加（參見以下「宣教：古代及現代」)。 1914年，俄國正教會比巴爾幹半島和中東的正教會出現了更多的神職人員，包括逾五萬名的神父、兩萬一千名的修士、以及七萬三千名的修女，也因此得以支持成千上萬的神學院和宣道團，並和俄國政府共同在中東的事務上發揮極大的影響力。在俄國人的協助下，1899年安提阿主教首度由一名稱為杜曼尼（Meletios Doumani）的阿拉伯人當選。在波蘭幾次分裂、白俄羅斯及烏克蘭的領土重合之後，許多東方天主教的後裔又回歸到東正教會。 1905年之後，沙皇尼可拉斯二世（Nicholas II）批准了委員會前會的設立，以預備召開全俄羅斯教會會議。這個會議的目標在於重建彼得大帝以後失落的教會獨立性，並且能夠重設大主教區，然而最後會議卻只在俄羅斯帝國垮台之後才得召開。