现在我们要来探讨一个颇具争议性的主题，这也是拜占庭静修者们的教导中常被误解的一个主题——身体在祈祷中的角色。
如前所述，心是我们存在的最重要的器官，它是精神与肉体的中心点，是我们身体构造与精神和灵性结构的中心。因为心具有两个层面——一方面它是可见的，同时又是不可见的，因此心祷既是身体的祈祷，同时也是心灵的祈祷。只有当祈祷包括身体在内才是真正地整个人的祈祷。根据圣经的观点，人的精神与身体是相联的——不是灵魂被囚禁于身体内期望摆肉体，而是两者的整合。身体不是一个要克服的障碍或应被忽略事物，它在我们的灵修生活中扮演一个积极的角色，它能赋予祈祷动力。
如果对一般的祈祷是这样的话，那么对于耶稣祷文更是如此，因为在耶稣祷文特别呼求那降生成人的上帝，那成了血肉的圣言。基督在降生成人时不仅取了人的精神，也取了人的身体，所以他使“血肉”进入无穷的圣化之源中。假如上帝降生成人只是取了精神，那么血肉怎能参与呼求耶稣圣名并参与理智在心内的祈祷呢？
为了帮助身体参与祈祷，并将思想集中起来，静修者发展了一套“身体的技巧”。他们发现，每一个身体的行动都会在身体的层面产生影响：我们内心的状况，可以使我们的身体发冷或变热，可以使我们的呼吸变快或变慢，也可以使我们的心跳加速或减慢，等等。相反，我们身体的每一个改变，也会或多或少地影响我们的心理状态。这样，如果我们能学会通过一些特定的方法来控制调节身体，这将有助于在祈祷时集中我们内心的注意力。这就是静修者提供的“方法”中所有的基本原理。具体来说，身体的技巧有三个要素：
一）身体的姿势：西奈的圣额我略建议：坐在一个约九英寸高的凳子上，低头注视心所在的位置。他承认这样经过一段时间后身体会极度不适。一些灵修作家推荐一种更严苛的姿势，就象厄利亚在加尔默罗山那样将头放在两膝之中。
二）呼吸控制：呼吸变得缓慢，与此同时与祈祷的节奏配合。通常吸气时念祷文的第一部份，“主耶稣基督，上帝之子”；呼气时念第二部份，“可怜我罪人”。也可用其他的方法。诵念耶稣祷文也可与心跳的节奏保持一致。
三）内心的探索：就如瑜珈行者被教导将注意力集中在身体的某个特殊部位一样，静修者将注意力集中在心脏中央。当他通过鼻子吸气，将气吸入肺部时，静修者使自己的理智与气息一起“下降”，并在内心寻求心的位置。因为怕被人误解，这种操练的具体指导没有被写下来；它的细节是那样的精细，非有一位有经验的的导师亲自来指导不可。缺乏指导的初学者若要尝试寻找心脏的位置将是危险的，因为他会在不知不觉之中将思想集中在心脏的下方，也就是腹部，即肠胃所在的地方。这对祈祷来说是不利的，因为这部位是污染思想与心灵的私情偏欲之源。
显而易见，若要干扰身体本能的行动，诸如呼吸与心跳，必须有明智的辨别能力。滥用身体的技巧可能会损害人的健康，使人精神的平衡受干扰。因此一位有经验的导师显得十分重要。如果找不到一位这样的长老，对初学者而言，最好不要使试图控制自己的呼吸心跳，只是用口诵念耶稣祷文。通常，他会发现，在不知不觉中，耶稣祷文会自然地与呼吸的节奏结合起来。如果事实并非如此，也没有关系；只要静静地不断地在心里呼求即可。
身体的技巧无论如何只是一种方法，只是一种对一些人有帮助，但并不强加于每个人。事实上，我们可以不借助于任何身体上的技巧而达到耶稣祷文的圆满程度。尽管圣额我略·帕拉马斯（1296-1359）为使用身体的技巧做了神学上的解释，但他仍认为这些方法是次要的，主要针对初学者。为他而言，正如为所有静修者的导师一样，耶稣祷文的本质并不在于外在地控制呼吸，而是在内心隐秘地呼求主耶稣。
最近一个半世纪以来，正教会的作者大都不将重点放在身体的技巧上。依纳爵·布拉恰尼诺夫主教所给的忠告是非常典型的：
我们建议我们亲爱的弟兄们，如果不是自动的呈现出来，不要尝试建立这种技巧。那些想要在实践中学会这种技巧的人除了损伤他们的肺外，将一无所获。关键在于祈祷时将理智与心结合为一，因着上帝的恩宠，在适当的时候——由上帝决定的时候，我们将获享这种方法。取代呼吸的技巧的是不慌不忙地用口诵念祷文，每遍祷文之后稍微停顿一下。伴随着每一遍祷文，呼吸和缓而从容不迫，将注意力集中在祷文上。藉此，我们的注意力可以很容易地集中起来。
关于诵念的速度，依纳爵主教这样说：
专心而从容地念一百遍耶稣祷文大约要半个小时，有些修士可能要更长的时间。不要一遍紧接一遍地快速诵念。在每遍祷文后停一下，这会有助于集中注意力。一遍接一遍不停的念会使人分心走意。注意你的呼吸，和缓地不急不慢地呼吸。
初学者在念耶稣祷文时可能会比前面提到的速度快——也许二十分钟就念了一百遍。在希腊传统里，有些导师推荐一种以极为快速的节奏念耶稣祷文的方法；他们认为这种以极快速度诵念祷文有助于集中注意力。
拜占庭静修者所推荐的身体技巧与那些修炼印度瑜珈术或苏菲派的人士所使用的方法之间存在着惊人的相似处。两者的相似是否仅仅只是一种巧合？是在两个不同的传统中各自独立发展出来的，尽管是那么的相似。或者在静修传统与苏菲主义之间有继承关系——一方吸收了另一方传承。这是一个诱人的领域，对此只有十分零散的证据，不可能得出任何最终结论。但不能忽略的是，除了相似外，两者间也有不同之处。所有的图片都有镜框，所有的镜框都有一些共同的特征；但是镜框里的图片却是完全不同的。重要的是图片，而不是镜框。对耶稣祷文来说，身体的技巧就好像是镜框，而呼求基督则是镜框里的图片。耶稣祷文的“镜框”与各种不同的非基督徒的“镜框”有相似的地方，但是对基督徒的这种独有的祈祷来说，这种相似并不能使我们忽略它里面的图片是独一无二的。耶稣祷文本质并不在于反复诵念祷文这一行动，也不在于我们怎样的坐或怎样的呼吸，而在于我们向他祈祷的那一位。在此我们清楚明白地有意识地呼求降生成人的救主耶稣基督，他是上帝之子，同时也是玛利亚之子。
我们不能由于这种身体技巧与耶稣祷文之间存在着的这种关联而忽视耶稣祷文的真正特色。耶稣祷文不是帮助我们集中注意力或使身体放松的一种方法。它不只是一种“基督徒的瑜珈术”，一种“超觉静坐”，或是一种“基督徒的净土法门”，尽管有人想要以这种方法来阐释它。相反，他是特别指向那一位成为人的上帝，耶稣基督，我们每个人的救主的呼求。因此，不能孤立地将耶稣祷文看成一种方法或技巧。它存在于一个特殊的基础下，如果将它抽离这个基础，它将失去它的意义。
首先，信仰是耶稣祷文的一个基础。呼求耶稣圣名的先决条件是念耶稣祷文的人要相信耶稣基督是上帝之子，是救世主。在反复诵念祷文的时候对主耶稣必须要有一份生活的信仰：相信他和他在我身上为我所做的一切。也许我们当中的许多人常常半信半疑，我们的信仰是犹豫不决的；多半信仰与疑惑同时存在，也许我们常常发现我们自己不得不与那个附魔儿童的父亲一起喊说：“主，我信，请你补足我的无信罢！”（谷9:24）但我们至少要愿意相信，在半信半疑之中，至少需要对耶稣有一点热爱之火，尽管我们并未完全认识他。
其次，教会团体是耶稣祷文的另一基础。我们并不是靠我们自己的力量，个别地呼求耶稣圣名，而是作为教会团体中的一员呼求他的圣名。灵修作家，诸如圣巴撒努斐乌，西乃的圣额我略和德奥梵主教，准许那些已领洗并有规律地藉忏悔圣事与圣体圣事参与教会的礼仪生活的基督徒诵念耶稣祷文，他们都假定念耶稣祷文的人应是与教会共融的成员。
但是，在当今这个充满使人不得安宁的好奇心的时代，在这教会分裂的时代，很多念耶稣祷文的人事实上并不属于任何教会，他们对主耶稣或是其它任何事物都没有一个明确的信仰。我们要谴责他们吗？我们要阻止他们念耶稣祷文吗？当然不，只要他们在真诚地寻求生命之源。除了伪善的人，耶稣从不谴责任何人。但是，在怀着极度的谦逊，深深地意识到我们自己的无信的同时，我们必须认识到这些人的情形是异常的，并有责任以事实的真相警告他们。